به گزارش روزپلاس، مارک چند سال قبل از خداحافظی با پیراهن آژاکس با کاترین لامبیتس ازدواج کرد. کاترین بارها اظهار کرده با وجود اینکه بیش از یک دهه زندگی کنار مارک با فوتبال سر و کار دارد اما هیچ چیزی درباره فوتبال نمی‌داند.
همسر او وکیل متخصص در قانون ورزشی و دختر رئیس سابق باشگاه سنت ترویدن است که ویلموتس به عنوان بازیکن و سرمربی در آن حضور داشت. این زوج بلژیکی صاحب دو فرزند پسر و یک فرزند دختر هستند؛ لانا، مارتین ۲۰ ساله و رنو ۲۲ ساله. رنو در سری B ایتالیا برای تیم کارپی بازی می‌کند و مارتین هم عضو تیم فرنس واروش مجارستان است.