به گزارش روز پلاس، اوایل سال ۱۳۳۲ عملیات دو سازمان ام‌آی۶ و سیا علیه نهضت ملی ایران شدت گرفت. در ۱ اردیبهشت ۱۳۳۲ سرتیپ افشارطوس رئیس شهربانی دولت مصدق، به دست عوامل بقایی و فضل‌الله زاهدی ربوده و کشته شد.
هم چنین هواداران او در ۲۸ مرداد ۱۳۳۲ سرگرد محمود سخایی از افسران شجاع و وطن پرست و رییس وقت شهربانی کرمان را به طرز فجیعی به قتل رساندند.
بقایی ۲۰ روز پس از کودتا به کرمان می‌رود و از عاملین قتل سرگرد سخایی تقدیر می‌کند.
در ماجرای کودتای ۲۸ مرداد نیروهای دکتر مظفر بقایی از افرادی بودند که به خانه مصدق حمله بردند. آنان در عملیات کودتا نیز نقش فعال داشتند.
سرانجام کودتای ۲۸ مرداد پیروز شد و دولت دکتر مصدق با کمک بقائی و حزب زحمت‌کشان ملت ایران و دو سازمان خدمات مخفی اطلاعاتی بریتانیا و سیا سرنگون شد. به این دلیل مطبوعات پس از کودتا بقایی را یکی از رهبران قیام ملی علیه دولت دکتر مصدق معرفی کردند.
او پس از انقلاب به اتهام توطئه علیه نظام زندانی شد و در سال ۱۳۶۶ درگذشت.دلیل آن بیماری سفلیس اعلام شد.
*پارسینه