به گزارش روزپلاس، بابک زنجانی با روی کارآمدن دولت حسن روحانی در تاریخ ۹ دی ۱۳۹۲ بازداشت گردید. غلامحسین محسنی اژه‌ای که در آن زمان سخنگوی قوه‌قضائیه بود در این باره اظهار داشت: «بابک زنجانی با توجه به مسائل و اتهامات وارده در هفته‌های اخیر از سوی مراجع قضایی بازداشت شد.»
بابک زنجانی در دولت احمدی نژاد در دورزدن تحریم‌های اقتصادی و فروش نفت ایران نقش آفرینی می‌کرد، وی مالک خطوط هواپیمایی، مجموعه هتل‌های زنجیره ای، تاکسی رانی، و چندین برند اقتصادی دیگر بود، اما بدهی وی به شرکت ملی نفت باعث ورود دستگاه های امنیتی و قضایی به فعالیت های وی شد و سرانجام دفتر سخنگوی قوه قضاییه مهر ماه سال ۹۴ اعلام کرد: دادگاه رسیدگی به پرونده بابک زنجانی و دو متهم دیگر پرونده موسوم به فساد نفتی، ۱۱ مهر ماه سال ۹۴ به صورت علنی در شعبه ۱۵دادگاه انقلاب به ریاست قاضی صلواتی برگزار می‌شود.
در اولین جلسه رسیدگی به پرونده بابک زنجانی، قرائت کیفرخواست ۲۳۷ صفحه‌ای این پرونده آغاز شد. جلسه دوم دادگاه ۱۲ مهر و جلسه سوم که در تاریخ ۱۳ مهر سال ۹۴ برگزار شد، به قرائت کیفرخواست سه متهم این پرونده اختصاص یافت. طبق کیفرخواست صادره از سوی دادسرای عمومی و انقلاب تهران، اتهامات بابک زنجانی عبارت بود از افساد فی‌الارض، کلاهبرداری از شرکت ملی نفت، بانک مسکن و تامین اجتماعی، پولشویی، جعل ۲۴ فقره اسناد بانکی و صورت حساب‌های بانکی، جعل حواله‌های ارزی، جعل دستور انتقال بین بانک‌ها.
سرانجام در روز شنبه ۱۳ آذر ۱۳۹۵، حکم اعدام بابک زنجانی تأیید شد. همچنین زنجانی و دو متهم دیگر این پرونده به رد مال و جزای نقدی نیز محکوم شده‌اند.
با وجود قطعی شدن حکم اعدام بابک زنجانی اما موضوع بازگرداندن وجوه و اموال بیت المال در پرونده وی از نکات برجسته‌ای است که مسئولان بر آن تاکید داشته‌اند. و البته طبق اعلام صورت گرفته درصورت تسویه کامل بدهی نیز بابک زنجانی تنها از تخفیفات قانونی‌بهره مند خواهد شد.
سرانجام نزدیک به ۱۰ سال پس از بازداشت بابک زنجانی، با تلاش‌های دستگاه های مختلف و پیگیری قضایی طبق اعلام رئیس‌دستگاه قضا، بدهی متهم به طور کامل پرداخت شده است.
آیت‌الله اژه‌ای رییس دستگاه قضا صبح امروز در‌نشست شورای عالی قضائی گفت: بابک زنجانی اموال قابل توجهی معرفی کرده و این اموال به تهران منتقل شده است، اگر اموال بازگشته قبلی را هم اضافه کنیم اضافه می‌آید، البته من تاکید کرده‌ام که باز هم کارشناسی در این خصوص صورت بگیرد. اولتیماتوم داده بودم و گفتم برای زنجانی ظرف زمان تعیین کنیم و اگر همکاری نکرد حکم وی اجرا شود.
پیش‌تر وکیل زنجانی عنوان کرده بود: همان مرجعی که موکل را به عنوان محکوم و مجازات اشد اعلام کرد؛ در ذیل دادنامه آورده که محکوم علیه اگر بتواند بدهی اش را بدهد، استحقاق بهره مندی مقررات ماده ۱۱۴ قانون مجازات اسلامی را دارد. ماده ۱۱۴ قانون مجازات بحث تخفیف را مطرح می‌کند و از ابتدا بحث این بود که اگر اموال مسترد شود، حقوق قانونی اش مدنظر قرار گیرد.