HPV همیشه علائمی ایجاد نمی کند و بسیاری از افراد مبتلا به این ویروس نمی دانند که به آن مبتلا هستند. علاوه بر فرج و آلت تناسلی، زگیل ممکن است در دهانه رحم یا واژن، کیسه بیضه در مردان، یا در داخل و اطراف مقعد در مردان یا زنان ظاهر شود. زگیل همچنین ممکن است در دهان و گلو ظاهر شود. دو سویه HPV نوع 6 و 11 باعث 90 درصد این زگیل ها می شوند.